A Magyar Madártani és Természetvédelmi Egyesület működése során speciális faj- és területvédelmi programokat hajt végre. Ezek az akciók jellegüknél fogva nem mozgathatnak meg tömegeket, ugyanakkor nem feledkezhetünk meg arról, hogy nem elegendő, ha kutatóintézetként működünk szűk szakmai területeken. Ennél sokkal fontosabb, hogy tevékenységünk ezer szállal kapcsolódjon a lakosság mindennapi életéhez, fő célnak tűzve ki a közösségépítést és az emberek széles körű bevonását a gyakorlati természetvédelembe.

Mindennapi jólétünk biztosítása óriási és egyre nagyobb terhet ró a bolygó élő rendszereire. Azok az élőlények, melyek gyakran évmilliók óta együtt élnek a ragadozóikkal, élősködőikkel, a gyakran elképesztően szélsőséges időjárási körülményekkel, képesek évek, évtizedek alatt kipusztulni a civilizációs hatásoktól. A civilizáció olyan vívmányai, mint: a vezetékes áram, az út- és vasúthálózat, az ipari hatékonyságű mezőgazdaság, vagy éppen a modern üveg-acél-beton épületek mind-mind olyan új környezeti elemek, melyekhez az élőlények jelentős többségének sem ideje, sem lehetősége nem volt alkalmazkodni. Ezért a természetvédelem nem az élőlények egymás közötti viszonyrendszerének az alakításáról szól, hanem a különböző fajok túlélésének biztosításáról az ember által mindinkább átalakított környezetben.

A rákosi vipera (Vipera ursinii rakosiensis Méhely, 1893) sztyeppmaradványok lakója. Mai állományai az ember természetátalakító tevékenységétől még megkímélt, változatos mikrodomborzatú, nedves és száraz gyeptípusok alkotta réteken, legelőkön maradtak fenn, ahol az élőhely változatos mikroklímát és gazdag táplálékbázist biztosít.

A 2000. évben végzett felmérések alapján a fekete gólya (Ciconia nigra) magyarországi állománya az elmúlt évtizedben emelkedni látszik. Míg 1996-ban 150-200 párra volt tehető a fészkelő fekete gólyák száma, 2000-ben 250 párról biztosan tudtunk. Ennek okai részben a folyamatos védelmi tevékenységre, részben az ország területén a kutatások kiterjesztésére, részben pedig egyéb tényezőkre vezethetőek vissza.

Az 1941-ben 16 ezer párat számláló magyarországi fehérgólya-állomány (Ciconia  ciconia) három évtized alatt 4800-5500 párra csökkent. Az 1970-es évek óta végzett védelmi tevékenység eredményeként a populáció stabilizálódott, bár az ezredforduló óta ismét enyhe csökkenést mutattak ki a számlálások.

A rétisas a 19. században végzett folyószabályozások következtében elveszítette élőhelyének jelentős részét. Az elmúlt száz évben a megmaradt öreg ártéri erdők további fogyatkozásával újabb fészkelőhelyei szűntek meg. A hazai állomány a mélypontot az 1970-es évek végén, az 1980-as évek elején érte el, amikor már csak 10-12 pár költött Magyarországon. Ekkor átlagosan öt fészekből csak egy fióka repült ki évente, a tojások nagy része ugyanis terméketlen volt, illetve gyakran emberi tevékenység zavarta meg a költőhelyén érzékeny madarakat, amelyek emiatt elhagyták fészkeiket. A ragadozómadarakat különösen érzékenyen érintő vegyszerek használatának csökkenése eredményeként Európa-szerte emelkedni kezdett a sikeres költések száma.

A természetvédelemben nemzetközi gyakorlattá vált, hogy meghatározzák az egyes állatfajok védelmi helyzetét, és ennek figyelembevételével készítik el a védelmi terveket. A védelmi helyzet meghatározásánál az állomány nagyságát és változásának irányát illetve mértékét veszik figyelembe. E két tényező alapján a nemzetközi gyakorlatban az egyes fajokat a következő kategóriákba szokták sorolni: Veszélyeztetett, sebezhető, csökkenő, ritka, védelemtől függő - együttesen kedvezőtlen védelmi helyzetű - és biztos állományú fajok.

A program elsődleges célja, hogy naprakész adatokat nyerjünk a Magyarország területén gyülekező, átvonuló, illetve telelő vízimadár populációk nagyságáról és elterjedéséről, továbbá hosszú távon trendeket határozhassunk meg a felmérésbe vont vízimadár fajokról. A fenti célokat egy szervezett felmérő hálózattal, illetve további együttműködő társadalmi szervezetekkel tudjuk megvalósítani.

Az MME Monitoring Központja az 1990-es évek elején kezdte meg működését, s ezen időszak alatt több országos állományfelmérő- és monitoring programot indított el, melyek sikeres működését elsősorban a felmérőmunkába bekapcsolódó jelentős számú önkéntesnek köszönhetjük.