A széki lile az ún. csökkenő számú fajok kategóriájába tartozik. Állományának nagyobb része Európán kívül él. Földrészünkön a mediterrán országok kivételével mindenütt fogyatkozik a fészkelőpárok száma. Magyarországon az egyik legveszélyeztetettebb fészkelő madárfaj.