A hazai területek kijelölését számos, elsősorban PHARE program keretében végzett adatgyűjtés segítette. A CORINE Biotóp projekt keretében 156 terület természetvédelmi adatait tartalmazó adatbázis készült, amelynek az élőhelyvédelmi irányelv szempontjából való elemzését is elvégezték. A „Felkészülés az élőhelyvédelmi irányelv magyarországi végrehajtására” megnevezésű PHARE projekt során 171 botanikus és zoológus szakértő közreműködésével Intenzív Botanikai Adatgyűjtés (IBOA) folyt, valamint megtörtént az élőhelyvédelmi irányelv mellékleteiben szereplő élőhelyek, növény- és állatfajok országos értékelése az aktuális terepi ismeretek, szakirodalmi és elterjedési adatok alapján.