Közép-Európa legnagyobb természetvédelmi civil szervezeteként az MME számos más, madarakon kívüli élőlénycsoporttal is foglalkozik. A 2022-ben újonnan alakult Lepkevédelmi Szakosztály céljai között szerepel: a lepkevédelem és lepkészet népszerűsítése Magyarországon;  a civil terepi adatgyűjtés összefogása, fejlesztése; értékes lepke-élőhelyek kezelése önkéntesekkel.