A Natura 2000 területek jogi hátterét a kijelölés előkészítési eljárását szabályozó, valamint a Natura 2000 területekre vonatkozó általános szabályozást a 275/2004 Kormányrendelet tartalmazza. A tervezet mellékletei tartalmazzák a kijelölés alapjául szolgáló közösségi jelentőségű fajok és élőhelyek listáját. A kijelölt területek helyrajzi számos listáját, annak nagy mérete és az esetleges majdani szakmai célú változások egyszerűsítése miatt, külön miniszteri rendeletben adták ki.